Balai Pendidikan dan Pelatihan Lingkungan Hidup dan Kehutanan (Balai Diklat LHK) Kupang melaksanakan tugas dan fungsi sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor P.16/Menlhk/Setjen/OTL.0/1/2016. Berdasarkan peraturan menteri tersebut, Balai Diklat LHK Kupang mempunyai tugas melaksanakan pendidikan dan pelatihan aparatur dan non aparatur di bidang lingkungan hidup dan
kehutanan.
Dalam melaksanakan tugas-tugas di atas, Balai Diklat LHK Kupang menyelenggarakan fungsi:
1) Penyusunan rencana, program, dan anggaran pendidikan dan pelatihan;
2) Pelaksanaan pendidikan dan pelatihan;
3) Pelaksanaan kerjasama pendidikan dan pelatihan;
4) Pelaksanaan pengelolaan sarana dan prasarana pendidikan dan pelatihan;
5) Pelaksanaan pengelolaan hutan pendidikan dan pelatihan;
6) Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pendidikan dan pelatihan;
7) Pelaksanaan pelayanan data dan informasi pengembangan sumber daya manusia lingkungan hidup dan kehutanan;
8) Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.
Untuk melaksanakan tugas dan fungsi tersebut di atas, Balai Diklat LHK Kupang memiliki Susunan Organisasi yang terdiri atas:
a) Subbagian Tata Usaha;
b) Seksi Penyelenggaraan dan Kerjasama Pelatihan;
c) Seksi Sarana dan Evaluasi Pelatihan;
d) Kelompok Jabatan Fungsional.
Setiap bagian tersebut memiliki tugas sebagai berikut :
1. Subbagian Tata Usaha, mempunyai tugas melakukan urusan surat menyurat, kepegawaian, keuangan, perlengkapan dan administrasi barang milik negara dan rumah tangga.
2. Seksi Penyelenggaraan dan Kerjasama Diklat, mempunyai tugas melakukan identifikasi kebutuhan diklat (IKD), penyusunan rencana, program dan anggaran pendidikan dan pelatihan, penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan, dan pelaksanaan kerjasama pendidikan dan pelatihan.
3. Seksi Sarana dan Evaluasi Diklat, mempunyai tugas melakukan pelaksanaan pengelolaan sarana dan prasarana pendidikan dan pelatihan, pelaksanaan pengelolaan hutan pendidikan dan pelatihan, pelaksanaan pemantauan, evaluasi pasca diklat (EPD) dan pelaporan pendidikan dan pelatihan serta pelaksanaan pelayanan data dan informasi di bidang pendidikan dan pelatihan.
4. Kelompok Jabatan Fungsional, mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Balai Diklat LHK Kupang memfasilitasi SDM Lingkungan Hidup dan Kehutanan pada UPT Kementerian LHK, Organisasi Perangkat Daerah (OPD) yang mengurusi lingkungan hidup dan kehutanan di Provinsi Bali, Provinsi Nusa Tenggara Barat dan Provinsi Nusa Tenggara Timur.